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JOBIM 2022 accueilllera 5 mini-symposiums le jeudi 7 juillet de 15h à 18h :

1-  Indexation et requêtage de grandes collections de données de séquençage

par Pierre Peterlongo (Inria, Rennes), Camille Marchet (CNRS, Lille), Rayan Chikhi (Pasteur, Paris), Antoine Limasset (CNRS, Lille), Clément Agret (Lirmm, Montpellier), Téo Lemane (Inria, Rennes), Lucas Robidou (Inria, Rennes), Karel Brinda (Inria, Rennes).

La taille des dépôts de données de séquençages tels que l'ENA croit de manière exponentiel et incite à développer des algorithmes toujours plus rapides pour faire des requêtes dans ces séquences (dont les échantillons métagénomiques ou métatranscriptomiques). Il n'existe aucun outil prêt à l'emploi et capable de passer à l'échelle. Hors, c'est une tâche qui permettrait de faire d'importantes découvertes dans les domaines eucaryote, bactérien et viral. Le problème algorithmique de la recherche dans les grandes collections de données de séquençage est très dynamique, avec de nombreuses percées récentes en matière de passage à l'échelle. Dans ce symposium, nous proposons un aperçu de l'état actuel de l'art du domaine de l'indexation et de la recherche de données génomiques, et nous anticipons et discutons avec vous des développements futurs.

Orateurs et oratrices invité·e·s : Camille Marchet (CNRS, Lille), Mikhail Karasikov (ETH Zurich), Thérèse Commes (Univ Montpellier) et Karel Brinda (Inria, Rennes)

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Ce mini-symposium est soutenu par le 

2- GIDAPE : Gestion et intégration de données agronomiques, phénotypiques et environnementales

par O. Dameron (IRISA/INRIA, Univ Rennes, Rennes), F. de Lamotte (AGAP, INRAE, Montpellier), Y. Le Bras (MNHN, Paris), F. Legeai (IGEPP, INRAE, Rennes), N. Parisey (IGEPP, INRAE, Rennes), C. Pommier (URGI, INRAE, Versailles).

Rendre accessibles, exploitables et réutilisables les jeux de données issues d’expérimentations en milieu naturel ou agricole est un enjeu majeur pour les sciences environnementales. Leur structuration et leur interconnexion impliquent d’assurer l’indexation et l’exposition des contenus disponibles dans des ressources distribuées, mais aussi de développer des méthodes pour l’extraction et la visualisation des informations. Dans ce symposium, nous aborderons les différents aspects (ressources, systèmes d’information, ontologies, indexation, intégration, collecte) permettant de faciliter l’exploitation  de ces données par les (bio-eco)informaticiens.

Orateurs et oratrices invité·e·s : Yvan Le Bras (MNHN Paris), Jocelyn de Goër (INRAE, Nantes), François Laperruque (SICPA INRAE Toulouse), Fatiha Saïs (LISC univ Paris Saclay), Gabriel Besombes & Valentin Rigolle (PhIS, INRAE Montpellier)

Ce mini-symposium est soutenu par le GDR MADICS, l'infrastructure PHENOME et le département BAP de l'INRAE

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3- Bioinformatique des voies métaboliques, des séquences aux molécules

par Samuel Bertrand (Nantes Université), Clément Frainay (INRAE Toulouse), Clémence Frioux (Inria Bordeaux), Jeanne Got (CNRS, IRISA Rennes), Gabriel Markov (CNRS/Sorbonne Université).

L'objectif de ce mini-symposium est de renforcer les interactions entre les bioinformaticiens et bioinformaticiennes des séquences, habituées de Jobim, et les bio- ou chémoinformaticiens et chémoinformaticiennes, ainsi que chimiométriciens/chimiométriciennes. Ces communautés plutôt centrées sur l'objet métabolites/molécules et de leur stratégie d'analyse et de monitoring au sein des organismes viennent parfois de la chimie et fréquentent plutôt d'autres types de conférences.

Orateurs et oratrices invité·e·s : Yves Moreau (univ Leuven), Maude Pupin (Univ Lille) et Thomas Dussarat (Univ Bordeaux)

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4- Simulation de séquences biologiques et de processus évolutifs

par Guy Perrière (LBBE, UCBL, Lyon), Guillaume Beslon (CNRS5205, INRIA BEAGLE, Lyon), Bastien Boussau  (LBBE, UCBL, Lyon), Jonathan Rouzaud-Cornabas  (CNRS5205, INRIA BEAGLE, Lyon), Vincent Daubin (LBBE, UCBL, Lyon) et Éric Tannier (LBBE, UCBL, INRIA BEAGLE, Lyon).

La simulation informatique de séquences biologiques (ADN ou protéines) et de processus évolutifs est un domaine qui a connu un développement important au cours de ces 20 dernières années. Il existe ainsi des méthodes permettant de simuler des gènes, des protéines, des lectures issues de différentes méthodes de séquençage, des génomes complets voire même des populations. Plusieurs thématiques bioinformatiques font appel aux simulations, que ce soit dans un objectif d’estimation de paramètres, de validation de méthodes, d’observation de comportements émergents ou bien de compréhension des mécanismes évolutifs. Ce symposium vise donc à faire le point sur les développements les plus récents dans ces différents domaines.

Orateurs et oratrices invité·e·s : Catherine Matias (CNRS, Sorbonne University), Burak Yelmen (Université Paris-Saclay), Guillaume Beslon (INRIA Lyon), William Boulton (Univ East Anglia UK)

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Ce mini-symposium est soutenu par le projet ANR Evoluthon.

5- Caractérisation structurale de macro-assemblages par des méthodes intégratives

par Jessica Andreani (CEA, Gif sur Yvette), Isaure Chauvot de Beauchêne (CNRS, Nancy), Anne Lopes (Univ Paris-Saclay) et Matthieu Montes (CNAM Paris).

La bioinformatique structurale vise à déterminer in silico les structures 3D de systèmes moléculaires, étudier leur dynamique et comprendre/prédire/modifier leur fonction biologique. En particulier, la modélisation structurale intégrative associe des données expérimentales de plusieurs natures (biophysique, biochimie, structures 3D à des résolutions variées) pour la modélisation de larges macro-assemblages. Les bouleversements récents de la bioinformatique structurale, en particulier avec l’avènement d’AlphaFold pour modéliser les protéines ou leurs complexes, permettent de rediriger ses enjeux sur des problèmes jusqu’ici difficilement abordables. Le mini-symposium permettra d’aborder certaines de ces questions, comme la modélisation des assemblages macromoléculaires de grande taille ou l’étude de la dynamique de ces larges machineries dans leur contexte cellulaire, par l’intégration de données complémentaires, notamment expérimentales.

Orateurs et oratrices invité·e·s : Pablo Chacon (Rocasolano Institute of Physical Chemistry, Madrid), Guillaume Bouvier (Institut Pasteur, Paris), Pierre Legrand (Institut Pasteur, Paris) et Stéphanie Baud (CNRS, Reims)

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Ce mini-symposium est soutenu par le GDR BIM du CNRS, le Groupe de Graphisme et de Modélisation Moléculaire et le Loria.